EncFS is een gratis (LGPL) FUSE-gebaseerd cryptografisch bestandssysteem. Het codeert op transparante wijze bestanden, waarbij een willekeurige map wordt gebruikt als opslag voor de gecodeerde bestanden. Er zijn twee mappen betrokken bij het aankoppelen van een EncFS-bestandssysteem: de bronmap en het koppelpunt. Elk bestand in het mountpoint heeft een specifiek bestand in de bronmap dat ermee correspondeert. Het bestand in het mountpoint biedt de niet-gecodeerde weergave van het bestand in de bronmap. Bestandsnamen worden gecodeerd in de bronmap. Bestanden worden gecodeerd met behulp van een volumesleutel, die binnen of buiten de gecodeerde bronmap wordt opgeslagen. Om deze sleutel te decoderen wordt een wachtwoord gebruikt.