EncFS è un filesystem crittografico gratuito (LGPL) basato su FUSE. Crittografa in modo trasparente i file, utilizzando una directory arbitraria come archiviazione per i file crittografati. Due directory sono coinvolte nel montaggio di un filesystem EncFS: la directory di origine e il punto di montaggio. Ogni file nel punto di montaggio ha un file specifico nella directory di origine che corrisponde ad esso. Il file nel punto di montaggio fornisce la vista non crittografata di quello nella directory di origine. I nomi dei file sono crittografati nella directory di origine. I file vengono crittografati utilizzando una chiave del volume, archiviata all'interno o all'esterno della directory di origine crittografata. Per decrittografare questa chiave viene utilizzata una password.