EncFS היא מערכת קבצים קריפטוגרפית חינמית (LGPL) מבוססת FUSE. הוא מצפין בשקיפות קבצים, תוך שימוש בספריה שרירותית כאחסון לקבצים המוצפנים. שתי ספריות מעורבות בהרכבה של מערכת קבצים של EncFS: ספריית המקור ונקודת הטעינה. לכל קובץ בנקודת ה-mount יש קובץ ספציפי בספריית המקור שמתאים לו. הקובץ בנקודת ה-mounting מספק את התצוגה הלא מוצפנת של הקובץ בספריית המקור. שמות קבצים מוצפנים בספריית המקור. קבצים מוצפנים באמצעות מפתח עוצמת הקול, אשר מאוחסן בתוך ספריית המקור המוצפנת או מחוצה לה. סיסמה משמשת לפענוח מפתח זה.