EncFS är ett gratis (LGPL) FUSE-baserat kryptografiskt filsystem. Den krypterar på ett transparent sätt filer med en godtycklig katalog som lagring för de krypterade filerna. Två kataloger är involverade i monteringen av ett EncFS-filsystem: källkatalogen och monteringspunkten. Varje fil i monteringspunkten har en specifik fil i källkatalogen som motsvarar den. Filen i monteringspunkten tillhandahåller den okrypterade vyn av den i källkatalogen. Filnamn är krypterade i källkatalogen. Filer krypteras med en volymnyckel, som lagras antingen inom eller utanför den krypterade källkatalogen. Ett lösenord används för att dekryptera denna nyckel.