Zdrojový kód Waterfox je špecializovaná modifikácia platformy Mozilla, navrhnutá s ohľadom na súkromie a voľbu používateľa. Mali by ste byť schopní nainštalovať a skompilovať Waterfox bez akýchkoľvek problémov. Boli implementované aj ďalšie úpravy a záplaty, ktoré sú viac upstream, aby sa vyriešili akékoľvek problémy s kompatibilitou/bezpečnosťou, pri ktorých implementácii Mozilla môže zaostávať (zvyčajne kvôli tomu, že nemajú vysokú prioritu). Funkcie s vysokými požiadavkami, ktoré Mozilla odstránila, ale používatelia ich požadujú, sa zachovajú (ak nie sú odstránené z dôvodu bezpečnosti). Waterfox sa zameriava na to, aby používateľom dal možnosť voľby. Prehliadač je zameraný na náročných používateľov, čo vám umožňuje robiť dôležité rozhodnutia. Neexistuje žiadny zoznam povolených doplnkov (to znamená, že môžete spúšťať aplikácie Java Applets a Silverlight), môžete spúšťať ľubovoľné rozšírenia (vrátane bootstrapped doplnkov, ktoré môžu úplne zmeniť funkčnosť prehliadača) a do Mozilly alebo projektu Waterfox sa neposielajú žiadne údaje ani telemetria. Prehliadajte si web podľa seba s nezávislým webovým prehliadačom: Žiadna telemetria, Obmedzené zhromažďovanie údajov, Doplnky NPAPI, Doplnky Bootstrapped, Poleštený používateľ Chrome, Stabilné API.