EncFS je bezplatný (LGPL) kryptografický súborový systém založený na FUSE. Transparentne šifruje súbory pomocou ľubovoľného adresára ako úložiska pre zašifrované súbory. Pri pripájaní súborového systému EncFS sú zahrnuté dva adresáre: zdrojový adresár a bod pripojenia. Každý súbor v bode pripojenia má v zdrojovom adresári špecifický súbor, ktorý mu zodpovedá. Súbor v bode pripojenia poskytuje nezašifrovaný pohľad na súbor v zdrojovom adresári. Názvy súborov sú zašifrované v zdrojovom adresári. Súbory sú šifrované pomocou kľúča zväzku, ktorý je uložený v zašifrovanom zdrojovom adresári alebo mimo neho. Na dešifrovanie tohto kľúča sa používa heslo.