Waterfox-kildekoden er en spesialisert modifikasjon av Mozilla-plattformen, designet for personvern og brukervalg i tankene. Du bør kunne installere det og kompilere Waterfox uten problemer. Andre modifikasjoner og patcher som er mer oppstrøms har også blitt implementert for å fikse eventuelle kompatibilitets-/sikkerhetsproblemer som Mozilla kan henge etter i implementeringen (vanligvis på grunn av at de ikke har høy prioritet). Funksjoner med høy forespørsel fjernet av Mozilla, men ønsket av brukere, beholdes (hvis de ikke fjernes på grunn av sikkerhet). Waterfox fokuserer på å gi brukerne valgmuligheter. Nettleseren er fokusert på avanserte brukere, som lar deg ta viktige avgjørelser. Det er ingen plugin-hviteliste (som betyr at du kan kjøre Java-applets og Silverlight-apper), du kan kjøre hvilke utvidelser du vil (inkludert bootstrapped-tillegg som kan endre funksjonaliteten til nettleseren fullstendig) og absolutt ingen data eller telemetri sendes tilbake til Mozilla eller Waterfox-prosjektet. Surf på nettet på din måte, med den uavhengige nettleseren: No Telemetri, Limited Data Collection, NPAPI Plugins, Bootstrapped add-ons, polish your userChrome, Stable API.