EncFS er et gratis (LGPL) FUSE-basert kryptografisk filsystem. Den krypterer gjennomsiktig filer ved å bruke en vilkårlig katalog som lagring for de krypterte filene. To kataloger er involvert i montering av et EncFS-filsystem: kildekatalogen og monteringspunktet. Hver fil i monteringspunktet har en spesifikk fil i kildekatalogen som tilsvarer den. Filen i monteringspunktet gir den ukrypterte visningen av filen i kildekatalogen. Filnavn er kryptert i kildekatalogen. Filer krypteres ved hjelp av en volumnøkkel, som lagres enten innenfor eller utenfor den krypterte kildekatalogen. Et passord brukes til å dekryptere denne nøkkelen.