Le code source de Waterfox est une modification spécialisée de la plate-forme Mozilla, conçue dans un souci de confidentialité et de choix de l'utilisateur. Vous devriez pouvoir l'installer et compiler Waterfox sans aucun problème. D'autres modifications et correctifs plus en amont ont également été implémentés pour résoudre les problèmes de compatibilité/sécurité que Mozilla pourrait être en retard dans la mise en œuvre (généralement parce qu'ils ne sont pas une priorité élevée). Les fonctionnalités très demandées supprimées par Mozilla mais recherchées par les utilisateurs sont conservées (si elles ne sont pas supprimées pour des raisons de sécurité). Waterfox s'efforce de donner le choix aux utilisateurs. Le navigateur est axé sur les utilisateurs expérimentés, ce qui vous permet de prendre les décisions importantes. Il n'y a pas de liste blanche de plugins (ce qui signifie que vous pouvez exécuter des applets Java et des applications Silverlight), vous pouvez exécuter les extensions de votre choix (y compris des modules complémentaires amorcés qui peuvent modifier complètement les fonctionnalités du navigateur) et absolument aucune donnée ou télémétrie n'est renvoyée à Mozilla ou au projet Waterfox. Parcourez le Web à votre façon, avec le navigateur Web indépendant : pas de télémétrie, collecte de données limitée, plugins NPAPI, modules complémentaires amorcés, peaufinez votre utilisateurChrome, API stable.