EncFS on ilmainen (LGPL) FUSE-pohjainen salaustiedostojärjestelmä. Se salaa tiedostot läpinäkyvästi käyttämällä mielivaltaista hakemistoa salattujen tiedostojen tallennustilana. EncFS-tiedostojärjestelmän liittämiseen liittyy kaksi hakemistoa: lähdehakemisto ja liitoskohta. Jokaisella liitoskohdan tiedostolla on tietty tiedosto lähdehakemistossa, joka vastaa sitä. Liitäntäpisteessä oleva tiedosto tarjoaa salaamattoman näkymän lähdehakemistossa olevasta tiedostosta. Tiedostonimet salataan lähdehakemistossa. Tiedostot salataan äänenvoimakkuusavaimella, joka tallennetaan joko salatun lähdehakemiston sisään tai sen ulkopuolelle. Tämän avaimen salauksen purkamiseen käytetään salasanaa.