Το EncFS είναι ένα δωρεάν (LGPL) σύστημα κρυπτογράφησης αρχείων που βασίζεται σε FUSE. Κρυπτογραφεί με διαφάνεια τα αρχεία, χρησιμοποιώντας έναν αυθαίρετο κατάλογο ως αποθήκευση για τα κρυπτογραφημένα αρχεία. Δύο κατάλογοι εμπλέκονται στην προσάρτηση ενός συστήματος αρχείων EncFS: ο κατάλογος προέλευσης και το σημείο προσάρτησης. Κάθε αρχείο στο σημείο προσάρτησης έχει ένα συγκεκριμένο αρχείο στον κατάλογο προέλευσης που αντιστοιχεί σε αυτό. Το αρχείο στο σημείο προσάρτησης παρέχει την μη κρυπτογραφημένη προβολή αυτού στον κατάλογο προέλευσης. Τα ονόματα αρχείων είναι κρυπτογραφημένα στον κατάλογο προέλευσης. Τα αρχεία κρυπτογραφούνται χρησιμοποιώντας ένα πλήκτρο έντασης, το οποίο αποθηκεύεται είτε εντός είτε εκτός του κρυπτογραφημένου καταλόγου προέλευσης. Ένας κωδικός πρόσβασης χρησιμοποιείται για την αποκρυπτογράφηση αυτού του κλειδιού.