EncFS er et gratis (LGPL) FUSE-baseret kryptografisk filsystem. Det krypterer gennemsigtigt filer ved at bruge en vilkårlig mappe som lager for de krypterede filer. To mapper er involveret i montering af et EncFS-filsystem: kildebiblioteket og monteringspunktet. Hver fil i monteringspunktet har en specifik fil i kildebiblioteket, der svarer til den. Filen i monteringspunktet giver den ukrypterede visning af filen i kildemappen. Filnavne er krypteret i kildebiblioteket. Filer krypteres ved hjælp af en volumenøgle, som gemmes enten i eller uden for den krypterede kildemappe. En adgangskode bruges til at dekryptere denne nøgle.