Mae EncFS yn system ffeiliau cryptograffig Am Ddim (LGPL) sy'n seiliedig ar FUSE. Mae'n amgryptio ffeiliau yn dryloyw, gan ddefnyddio cyfeiriadur mympwyol fel storfa ar gyfer y ffeiliau wedi'u hamgryptio. Mae dau gyfeiriadur yn ymwneud â gosod system ffeiliau EncFS: y cyfeiriadur ffynhonnell, a'r pwynt gosod. Mae gan bob ffeil yn y mountpoint ffeil benodol yn y cyfeiriadur ffynhonnell sy'n cyfateb iddo. Mae'r ffeil yn y mountpoint yn darparu golwg heb ei amgryptio o'r un yn y cyfeiriadur ffynhonnell. Mae enwau ffeiliau wedi'u hamgryptio yn y cyfeiriadur ffynhonnell. Mae ffeiliau'n cael eu hamgryptio gan ddefnyddio allwedd cyfaint, sy'n cael ei storio naill ai o fewn neu'r tu allan i'r cyfeiriadur ffynhonnell wedi'i amgryptio. Defnyddir cyfrinair i ddadgryptio'r allwedd hon.