El codi font Waterfox és una modificació especialitzada de la plataforma Mozilla, dissenyada per tenir en compte la privadesa i l'elecció de l'usuari. Hauríeu de poder instal·lar-lo i compilar Waterfox sense cap problema. També s'han implementat altres modificacions i pedaços que es troben més amunt per solucionar qualsevol problema de compatibilitat/seguretat que Mozilla pugui quedar enrere en la implementació (normalment perquè no té una alta prioritat). Les funcions de gran sol·licitud eliminades per Mozilla però desitjades pels usuaris es conserven (si no s'eliminen per motius de seguretat). Waterfox se centra a donar opcions als usuaris. El navegador està enfocat als usuaris avançats, cosa que us permet prendre les decisions importants. No hi ha cap llista blanca de connectors (és a dir, podeu executar les aplicacions Java Applets i Silverlight), podeu executar les extensions que vulgueu (inclosos els complements d'arrencada que poden canviar completament la funcionalitat del navegador) i no s'envia cap dades ni telemetria a Mozilla o al projecte Waterfox. Navegueu pel web a la vostra manera, amb el navegador web independent: sense telemetria, recopilació de dades limitada, connectors NPAPI, complements d'arrencada, poliu el vostre usuari Chrome, API estable.