EncFS je besplatni (LGPL) kriptografski sistem datoteka baziran na FUSE. Transparentno šifrira datoteke, koristeći proizvoljan direktorij kao skladište za šifrirane datoteke. Dva direktorija su uključena u montiranje EncFS sistema datoteka: izvorni direktorij i točka montiranja. Svaka datoteka u tački montiranja ima određenu datoteku u izvornom direktoriju koja joj odgovara. Datoteka u tački montiranja pruža nešifrirani prikaz onog u izvornom direktoriju. Imena datoteka su šifrirana u izvornom direktoriju. Datoteke se šifriraju pomoću ključa za volumen, koji se pohranjuje unutar ili izvan šifriranog izvornog direktorija. Lozinka se koristi za dešifrovanje ovog ključa.